Gesundheitsbedingt musste Hans Christian Nickelsen seine Mitarbeit bereits 1972 wieder aufgeben; 1984 trat Tams Jörgensen in den Ruhestand, 1986 auch Janny und Reimer Kay Holander. Neuer Institutsleiter wurde 1987 Thomas Steensen. Der gebürtige Schwede Nils Århammar übernahm 1988 die neue Professur am Friesischen Seminar in Flensburg, die gekoppelt wurde mit der sprachwissenschaftlichen Leitung des Nordfriiisk Instituut. So bestand bis 1996 eine Doppelspitze aus zwei Direktoren.
1990 ließ die Stadt Bredstedt die seit Jahren leerstehende Volksschule sanieren, um sie anschließend dem Nordfriisk Instituut zur Verfügung zu stellen. Erstmals verfügte das Institut damit über einen Bibliotheks- und einen Versammlungsraum, die Festrede zur Einweihung hielt Ministerpräsident Björn Engholm.
Ebenfalls 1990 wurde ein politischer Wandel greifbar. Die neue Verfassung des Bundeslandes Schleswig-Holstein sicherte der friesischen Volksgruppe „Schutz und Förderung“ zu; 1999 trat die europäische „Charta der Regional- oder Minderheitensprachen“ in Kraft. In Folge dieser verstärkten Minderheitenförderung erhielt das Nordfriisk Instituut ab 2001 Projektmittel auch aus dem Bundeshaushalt. Ab 2014 konnte die jahrzehntelang immer wieder in Frage gestellte Grundfinanzierung durch Ziel- und Leistungsvereinbarungen mit dem Land Schleswig-Holstein dauerhaft gesichert werden.
Mit der Verabschiedung von Nils Århammar ging 1996 die ordentliche Professur am Friesischen Seminar in Flensburg verloren; bis zur Neubesetzung 2016 übernahm Thomas Steensen als Honorarprofessor einen Großteil der Lehraufgaben. Seit 2007 ist das Nordfriisk Instituut An-Institut der Europa-Universität Flensburg und bietet in jedem Semester drei Lehrveranstaltungen am Friesischen Seminar an.
1991 wurde die Vortragsreihe „Nordfriesisches Sommer-Institut“ ins Leben gerufen. Es entstanden mehrere neue Schriftenreihen. Im Blickpunkt der historischen Forschung stand vor allem das 19. Jahrhundert sowie die Emigration nach Amerika. Zahlreiche geschichtswissenschaftliche Tagungen zeigen die zunehmende Einbindung in ein wissenschaftliches Netzwerk.
Thomas Steensen (Direktor 1987—2018)
Nils Århammar (Direktor 1988—1996)
Fiete Pingel (Lektor für Geschichte und Landeskunde 1984—2016)
Marlene Kunz (seit 1990 / Geschäftsführerin, seit 1993)
Christina Tadsen (Sprachlektorin 1991—2008)
Angela Sachau (Hauspflegerin und Bürogehilfin, seit 1991)
Rita Carlsen (Kaufmännische Angestellte 1992-2008)
Adeline Petersen (Sprachlektorin 1994—2008)
Paul-Heinz-Pauseback (Historiker, ehrenamtlich für das Auswandererarchiv tätig seit 1994)
Harry Kunz (Soziologe 1996—2017)
Anke Jensen (Kaufmännische Angestellte, 1996-2019)
Antje Arfsten (Sprachlektorin, seit 2001)
Anne Paulsen-Schwarz (Bibliotheksmitarbeiterin 2006-2016)
Hans Joachim Kühn / Albert Panten, Der frühe Deichbau in Nordfriesland (1989)
Minna Borchert / Ritva und Nils Århammar, Wi lear halunder (1987)
Reimer Kay Holander / Thomas Steensen, Friesen und Sorben (1991)
Marie Tångeberg, Föögle önj Nordfraschlönj (1992)
Thomas Steensen, Nationalsozialismus in Nordfriesland (1993)
Petrus Petrejus, Von der Stadt und dem Amt Tondern und dem Deichwesen (Edition, 1993)
Johannes Jensen, Nordfriesland in den geistigen und politischen Strömungen des 19. Jahrhunderts (1993)
Paul-Heinz Pauseback, Aufbruch in eine neue Welt (1995)
Heather Amery, Min jest düüsend uurter (auch in weiteren Dialekten) (1999)
Ernst Martin Dahl u.a., Loow nü e Hiire. Nordfrasch sungebök (2000)
Claas Riecken, Nordfriesische Sprachforschung im 19. Jahrhundert (2000)
Albert Bantelmann / Albert Panten / Thomas Steensen / Fiete Pingel, Geschichte Nordfrieslands in vier Bänden (2003-2007)
Thomas Steensen / Harry Kunz / Fiete Pingel, Heimat Nordfriesland. Ein Kanon friesischer Kultur (2011)
Harry Kunz / Fiete Pingel / Thomas Steensen, Die freien Friesen. Geschichte und Perspektiven der Selbstverwaltung in den freien Frieslanden (2013)
Nordfriesische Lebensläufe (ab 1988)
Wegweiser zu den Quellen der Landwirtschaftsgeschichte Schleswig-Holsteins (ab 1998)
Nordfriesland im Roman (ab 2007)
Nordfriesischer Literaturwettbewerb (erstmals 1989/90, seit 2001 „Ferteel iinjsen“)
Hark Martinen begrüßt Nils Århammar zum Dienstantritt, 1988
Teilnehmer des ersten friesischen Schreibwettbewerbs 1989/90
Ansprache Björn Engholms bei der Einweihung des neuen Institutsgebäudes
Das Auswandererdenkmal mit Paul-Heinz Pauseback
Die Redaktion der Zeitschrift Nordfriesland 2013: Fiete Pingel, Thomas Steensen, Peter Nissen (v.l.)
Fünfzig Jahre Nordfriisk Instituut, 2015