Af helbredsmæssige årsager stoppede Hans Christian Nickelsen som institutslektor allerede i 1972. Tams Jörgensen gik i 1984 på pension, det samme gjorde Janny og Reimer Kay Holander i 1986. Ny institutsleder blev i 1987 Thomas Steensen. Den svenskfødte Nils Århammar blev professor på ”Friesisches Seminar” i Flensborg. Stillingen var samtidig var koblet til lederstillingen for sprogligeafdelingen på Nordfriisk Instituut. På den måde var ledelsen indtil 1996 doblet.
Bredsted by fik renoveret en nedlagt folkeskolebygning i 1990 med det formål at huse Nordfriisk Instituut fra da af. For første gang rådede instituttet ved siden af kontorer over biblioteks- og forsamlingslokaler. I anledning af af indvielsen holdt Slesvig-Holstens ministerpræsident Bjørn Engholm festtalen.
I 1990 mærkedes også en politisk forandring. Friserne sikredes i en nye forfatning for delstaten Slesvig-Holsten som tilstod folkegruppen ”Schutz und Förderung” (protektion og støtte). I 1999 trådte ”Den europæiske pagt om regionale sprog eller mindretalssprog” i kraft. Som følge af den forøgede mindretalsstøtte, kunne Nordfriisk Instituut fra 2001 af søge om projektmidler på statsplan i Tyskland. Fra 2014 kom financieringen ved hjælp af resultatorienterede aftaler med delstaten Slesvig-Holsten på et konstant grundniveau, som indtil da gennem årtier har været usikker.
Efter Nils Århammars pensionering i 1996 blev professorstillingen på ”Friesisches Seminar” i Flensborg nedlagt. Indtil genoprettelsen i 2016 varetog Thomas Steensen størsteparten af docenturet som honorarprofessor. Siden 2009 er Nordfriisk Instituut tilknyttet Europa-Universitetet i Flensborg i form af et ”An-Institut” og tilbyder hvert semester tre kurser i ”Friesisches Seminar”.
I 1991 blev foredragsrækken ”Nordfriesisches Sommer-Institut” søsat og flere nye skriftrækker sat i verden. Den historiske forsknings fokus var rettet mod 1800-tallet og udvandringen til Amerika. Mange historiske konferancer viser institutionens øget integration i et forskningsnetværk.
Thomas Steensen (Direktor 1987—2018)
Nils Århammar (Direktor 1988—1996)
Fiete Pingel (Lektor für Geschichte und Landeskunde 1984—2016)
Marlene Kunz (seit 1990 / Geschäftsführerin, seit 1993)
Christina Tadsen (Sprachlektorin 1991—2008)
Angela Sachau (Hauspflegerin und Bürogehilfin, seit 1991)
Rita Carlsen (Kaufmännische Angestellte 1992-2008)
Adeline Petersen (Sprachlektorin 1994—2008)
Paul-Heinz-Pauseback (Historiker, ehrenamtlich für das Auswandererarchiv tätig seit 1994)
Harry Kunz (Soziologe 1996—2017)
Anke Jensen (Kaufmännische Angestellte, 1996-2019)
Antje Arfsten (Sprachlektorin, seit 2001)
Anne Paulsen-Schwarz (Bibliotheksmitarbeiterin 2006-2016)
Hans Joachim Kühn / Albert Panten, Der frühe Deichbau in Nordfriesland (1989)
Minna Borchert / Ritva und Nils Århammar, Wi lear halunder (1987)
Reimer Kay Holander / Thomas Steensen, Friesen und Sorben (1991)
Marie Tångeberg, Föögle önj Nordfraschlönj (1992)
Thomas Steensen, Nationalsozialismus in Nordfriesland (1993)
Petrus Petrejus, Von der Stadt und dem Amt Tondern und dem Deichwesen (Edition, 1993)
Johannes Jensen, Nordfriesland in den geistigen und politischen Strömungen des 19. Jahrhunderts (1993)
Paul-Heinz Pauseback, Aufbruch in eine neue Welt (1995)
Heather Amery, Min jest düüsend uurter (auch in weiteren Dialekten) (1999)
Ernst Martin Dahl u.a., Loow nü e Hiire. Nordfrasch sungebök (2000)
Claas Riecken, Nordfriesische Sprachforschung im 19. Jahrhundert (2000)
Albert Bantelmann / Albert Panten / Thomas Steensen / Fiete Pingel, Geschichte Nordfrieslands in vier Bänden (2003-2007)
Thomas Steensen / Harry Kunz / Fiete Pingel, Heimat Nordfriesland. Ein Kanon friesischer Kultur (2011)
Harry Kunz / Fiete Pingel / Thomas Steensen, Die freien Friesen. Geschichte und Perspektiven der Selbstverwaltung in den freien Frieslanden (2013)
Nordfriesische Lebensläufe (ab 1988)
Wegweiser zu den Quellen der Landwirtschaftsgeschichte Schleswig-Holsteins (ab 1998)
Nordfriesland im Roman (ab 2007)
Nordfriesischer Literaturwettbewerb (erstmals 1989/90, seit 2001 „Ferteel iinjsen“)
Hark Martinen hilser Nils Århammar velkommen på sin nye stilling i 1988
Nordfrisisk litteraturkonkurrence (første gang i 1989/90, fra 2001 under navnet ”Ferteel iinjsen”)
[Bitte in "dansk" übersetzen:] Ansprache Björn Engholms bei der Einweihung des neuen Institutsgebäudes
[Bitte in "dansk" übersetzen:] Das Auswandererdenkmal mit Paul-Heinz Pauseback
[Bitte in "dansk" übersetzen:] Die Redaktion der Zeitschrift Nordfriesland 2013: Fiete Pingel, Thomas Steensen, Peter Nissen (v.l.)
[Bitte in "dansk" übersetzen:] Fünfzig Jahre Nordfriisk Instituut, 2015